Каковы несомненные плюсы сего явления?
1) Исследователь экономит много времени. В случае, если по доступной описи можно заказать сканы документов, то не надо выгадывать время, когда ехать в архив и тратить драгоценное время на переписывание документа в строго отведенный день (теперь можно набрать текст, имея скан, в любое свободное время).
2) Исследователь экономит не только время, но и свои деньги в случае, если архив находится в другом городе, или вообще в другой стране. Для второго варианта электронные копии иногда - наилучший вариант, поскольку иноземцы в ряде архивов за сканы денег берут по-божески. Кроме того, в Европе на удивление есть организации, которые могут предоставить до 10 документов совершенно бесплатно. Но вот в некоторых россейских собраниях сканирование обойдется в очень круглую сумму, о чем я писал ранее.
3) электронные копии доступны бОльшему количеству исследователей, что сказывается на степени изученности архивного наследия.
4) Если сканы документов выложены в сеть - это вообще супер. Смотри себе, читай в любое время. Как пример - проекты дигитализации Deutschordenszentralarchiv (DOZA) , эстонский проект Saaga, польские проекты, некоторые наши вещи - РГАДА или документы по Троице-Сергиевой Лавре из НИОР РГБ и т.д.
5) по хорошим сканам можно увидеть особенности документа - вплоть до водяных знаков бумаги, которые "проявляются", если поиграть на экране со яркостью/затемнением и светофильтрами. Порой на сканах можно увидеть то, чего невозможно увидеть человеческим глазом. Часто бумага 15-17 вв подпорчена сыростью, мышиной мочой и укусами мышек (помимо съеденных кусков, бактерии на зубках грызунов - страшная вещь для тряпичной бумаги), и отдельные слова на темных пятнах можно прочитать, если "осветлить" темный участок.

Кстати, встречный вопрос - как распознать по признакам, чем испорчена бумага: просто сыростью, мочой с мышиной щелочью, укусами или всем одновременно? А то до седых волос дожил, а ведь так и не понял :)
Каковы минусы работы только с электронными вариантами?
1) несомненно, контакт с оригиналом, когда можно его пощупать, повертеть, создает особое положительное эмоциональное ощущение, что является немаловажным для исследователя. Прикосновение к эпохе - важный и порой необходимый стимул для исследователя. Ко скану не прикоснешься, не ощутишь приятную шероховатость пергамента или бумаги
2) В некоторых случаях при работе только со сканами от глаз исследователя ускользает то, что в свое время не было замечено работником "цифровой" лаборатории, сканирующим документ. Например, особенности печати под кустодией, пометы под заклеенными бумажками, дорсальные записи и т.д.
3) Порой невозможно по электронным вариантам изучить все археографические особенности документа. Например, пара строчек в столбце может быть просто хорошо согнута, а на скане этот изгиб кажется просто срезом...и если не сделаны сканы "обороток", то тогда ценные строчки остаются недоступны исследователю.
Конечно, лучший вариант, когда и подержать документ есть возможность, и его скан сделать, но в данном постинге я касаюсь только варианта "или-или". К тому же я не касаюсь вопроса сканов документов Новейшего времени - это, как говорится, совсем другой коленкор :)
К собственному сожалению из-за катастрофического недостатка времени в последние года все чаще приходиться работать с "электронными" заказами...